Руководитель – генерал армии Владимир Григорьевич Кулишов

Руководство деятельностью Пограничной службы осуществляет директор ФСБ. Управление Пограничной службой осуществляет директор ФПС в ранге первого заместителя директора ФСБ России.

11 марта 2003 года Владимир Путин передал функции ФПС в ведение ФСБ.  

В июле 2004 года пограничная служба перешла от линейного принципа охраны государственной границы к регионально-объектовому. В связи с этим вместо десяти региональных пограничных управлений в России было создано семь в пределах федеральных округов.

В мае 2005 года внутри Погранслужбы была создана новая структура – Береговая охрана ПС ФСБ, а руководителю ПС Владимиру Проничеву было присвоено звание генерала армии.

ПС России возглавляет единую централизованную систему, включающую в себя:

  • органы пограничного контроля;
  • орган внешней разведки;
  • оперативные органы, осуществляющие разведывательную, контрразведывательную, оперативно-розыскную деятельность, деятельность по обеспечению собственной безопасности системы ФПС России;
  • органы пограничной стражи и другие органы пограничной службы, предусмотренные федеральным законодательством;
  • пограничные войска ФПС России;
  • военные образовательные учреждения профессионального образования,
  • предприятия, учреждения и организации, находящиеся в подчинении ФПС России (далее именуются органы и войска ФПС России) согласно федеральному законодательству.