Руководитель Таможенной службы – Булавин Владимир Иванович

  • Финансово-экономическое управление – Рогачева Елена Викторовна 
  • Главное управление “Центр мониторинга и оперативного контроля ФТС” – Золотницкий Филипп Алексеевич
  • Управление по противодействию коррупции – Мурышов Дмитрий Николаевич
  • Контрольно-ревизионное управление – Федотова Ольга Борисовна

Заместитель – Давыдов Руслан Валентинович 

  • Главное управление организации таможенного оформления и таможенного контроля – Жуков Дмитрий Борисович
  • Главное управление таможенного контроля после выпуска товаров – Семашко Сергей Александрович 
  • Управление торговых ограничений, валютного и экспортного контроля – Шкляев Сергей Владимирович

Заместитель – Губайдулин Олег Галинурович 

  • Главное управление по борьбе с контрабандой – Юдинцев Андрей Андреевич
  • Управление таможенных расследований и дознания – Кизлык Александр Петрович

Заместитель – Ивин Владимир Владимирович 

  • Аналитическое управление – Константинов Андрей Евгеньевич
  • Управление таможенного сотрудничества – Козырев Евгений Александрович 

Заместитель – Москалец Андрей Александрович

  • Главное организационно-инспекторское управление – Кузьминов Иван Александрович
  • Управление государственной службы и кадров – Ханутин Сергей Евгеньевич
  • Управление по связям с общественностью – Винокуров Владимир Сергеевич 

Заместитель – Струков Андрей Борисович

  • Главное управление тылового обеспечения –  Завгородний Олег Алексеевич 
  • Правовое управление – Зарембо Сергей Александрович
  • Медицинское управление – Шушкин Юрий Анатольевич 

Заместитель – Терещенко Денис Викторович 

  • Главное управление информационных технологий – Скиба Владимир Юрьевич
  • Управление делами – Ищенко Сергей Геннадьевич

Заместитель – Ягодкина Елена Владимировна

  • Главное управление федеральных таможенных доходов и тарифного регулирования – Чмора Максим Владимирович 
  • Управление товарной номенклатуры – Бышовец Валерий Анатольевич