Директор ФСБ — Александр Васильевич Бортников

Заместители: 

• Сергей Королев, первый заместитель с марта 2021 (источник), до него Сергей Смирнов
• Владимир Григорьевич Кулишов, первый заместитель и руководитель Пограничной службы ФСБ России с 11 апреля 2013, до него Владимир Егорович Проничев
• Александр Николаевич Купряжкин, статс-секретарь (с сентября 2018 года), до него Шальков Дмитрий Владиславович (ранее работал в Главном военном следственном управлении СК, источник), до него Юрий Сергеевич Горбунов (источник), ранее возглавлял департамент правовых вопросов безопасности Государственно-правового управления Администрации Президента РФ
• Игорь Геннадьевич Сироткин, заместитель, руководитель аппарата Национального антитеррористического комитета (НАК), заместитель руководителя Федерального оперативного штаба, назначен в декабре 2015 года, до него Евгений Сысоев (с марта 2013 года — в декабре 2015 переведен в аппарат Шанхайской Организации Сотрудничества ШОС курировать направление по антитеррору, потом возглавил Академию ФСБ), до него Владимир Кулишов (с 19 августа 2008 года), до него Владимир Булавин 

1. Служба контрразведки (СКР) — Владислав Меньщиков, переведен 7 апреля 2015 года с должности начальника ГУСП (источник), заместитель — Минаев Д.В.

• Департамент контрразведывательных операций (ДКРО) — руководитель Минаев Д.В.
• Управление координации и анализа контрразведывательной деятельности (УКАКД) — вице-адмирал Рощупкин Александр Петрович, бывший руководитель А. Ручьев, назначен начальником УФСБ Санкт-Петербурга (источник)
• Управление информационного обеспечения оперативно-розыскной деятельности (УИООРД) 
• Управление специальных мероприятий (источник) 
• 18 Центр (информационной безопасности ЦИБ) — Сергей Скороходов (с июля 2017 года, источник)
  • Оперативное управление — Жахонгир Юлдашев
  • Управление информационных технологий — Алексей Грачев

2. Служба по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом (СЗКСиБТ) — Алексей Седов (до него А.Брагин), заместитель — Владимир Муратов (бывший шеф УФСБ Дагестана)

• Управление по борьбе с терроризмом и политическим экстремизмом (УБТПЭ) — Александр Малеваный (умер в мае 2018 года) (источник)
• Управление по защите конституционного строя (УЗКС) — генерал-майор А.П. Жало (источник, также)
• Центр специального назначения (ЦСН) — А.Е. Бондаренко, до сентября 2022 г. Александр Тихонов
  • Управление А
  • Управление В
  • Управление С (ранее Служба) специальных операций (УСО Смерч)
  • Управление К (Кавказ)
  • Управление Т (Таврида)
• Служба применения специального вооружения
• Женское подразделение — создано в 1998 году в Управлении «А» в составе пяти человек, впоследствии было распущено. (источник)
• Музей ЦСН
• Управление по борьбе с международным терроризмом (УБМТ)
• Организационно-оперативное управление (ООУ)
• Оперативно-разыскное управление (ОРУ) 

3. Департамент военной контрразведки (ДВКР) —  генерал-полковник Юрьев Николай Петрович (источник),  до него Александр Безверхний

• Управление военной контрразведки в Московском военном округе (в/ч 14057)
• УФСБ по по специальным объектам федеральных органов государственной власти
• Управление ФСБ по Росгвардии
• Управление ФСБ по объединениям ВКС (воздушно-космическим силам)
• Управление ФСБ по объединениям Д и ВТА
• Управление ФСБ по Центральному военному округу
• Управление ФСБ по Западному военному округу
• Управление ФСБ по Южному военному округу
• Управление ФСБ по Восточному военному округу
• Оперативная группа ДВКР в САР
• УФСБ по Тихоокеанскому флоту
• УФСБ по Северному флоту
• УФСБ по 12 ГУ Министерства обороны
• Управление по 27 ракетной армии
• Управление ФСБ по 31 ракетной армии
• УФСБ по 33 ракетной армии
• Оперативная группа ДВКР в Северо-Кавказском регионе — начальник в статусе зам руководителя Департамента
• Оперативная группа ДВКР на ЧФ

4. Служба экономической безопасности (СЭБ) — Сергей Алпатов, до марта 2021 Сергей Королев (источник), заместитель Нагуманов Н.В.

• Управление П (по контрразведывательному обеспечению предприятий промышленности) — Наиб Нагуманов
• Управление Т (по контрразведывательному обеспечению транспорта) — Сергей Демьянишников
• Управление К (по контрразведывательному обеспечению кредитно-финансовой системы) — Иван Ткачев, до него Виктор Воронин (ушел в отставку), заместитель А.И. Егоров
• Управление М (по контрразведывательному обеспечению МВД, Минюст, МЧС) — Владимир Сергиенко (источник)
• Организационно-аналитическое управление — Юрий Алешин

5. Служба оперативной информации и международных связей (СОИиМС) — А.В. Комков, до июня 2024 г. Сергей Беседа (источник) — и.о. Гришаев Г.А., до него Виктор Иванович Комогоров

• Департамент оперативной информации (ДОИ) — Гришаев Г.А. заместители Лугинин Виктор Дасиевич, Петровский Владимир Адамович, заместитель Милютин Д.В.
• Информационно-аналитическое управление (ИАУ) — заместитель Юрий Алешин, первый заместитель руководителя В.Скворцов (источник)
• Отдел открытой информации
• Управление международного сотрудничества — — В.Г. Домнин
• группа оперативного информирования (ГОИ), в котором готовят сводки для Президента РФ.

6. Служба организационно-кадровой работы (СОКР) — Александр Котов

• Управление специальных регистраций УСР
• Управление кадров — Сергей Сапунков

7. Служба обеспечения деятельности (СОД) — генерал-полковник Михаил Васильевич Шекин, первый заместитель Новиков Н.К. (Источник: Распоряжение Правительства от 23.07.2005 №1026-р)

• Финансово-экономическое управление
• Управление материально-технического обеспечения (УМТО) — Александр Орлов, до него Василий Кубаев 
• Управление капитального строительства

Научно-техническая служба (НТС) — Михайлов М.Ю. заместитель Богданов В.М.

• 8 Центр (защиты информации и специальной связи), бывший Центр безопасности связи ЦБС (бывший ГУБС ФАПСИ) — А.М. Ивашко
  • Национальный координационный центр по компьютерным инцидентам НКЦКИ
• 10 Центр — Ю.Г. Угольников
• 11 Центр (специальной техники) — Владимир Богданов (источник)
  • НИИ-2 (криминалистики) — начальник — Кирилл Васильев
• Управление специальной связи УСС — начальник Николай Андрианов (источник), до него Андрей Иванович Преснов (источник: Распоряжение Правительства от 12.08.2005 №1212-р)
• Организационно-аналитическое управление — Силантьев Д.А.
• Научно-исследовательский центр НИЦ — Маруев А.

Контрольная служба —  Крючков В.В.

• Инспекторское управление — Виктор Бакуткин
• Контрольно-ревизионное управление

Пограничная служба — Владимир Кулишов

Служба социально-бытового обеспечения (ССБО) — начальник Саблин Анатолий Анатольевич (источник)

Подразделения центрального подчинения

• Управление делами — заместитель Сарычев А.Д.
  • Приемная ФСБ (на правах отдела) — Виталий Александрович Кондратьев
• Комендантское управление — Казанчеев Александр Евгеньевич (источник)
• Управление программ содействия — В. Н. Дворников
  • Центр общественных связей ЦОС — руководитель Н.Н. Захаров
• Управление регистрации и архивных фондов (УРАФ) — Васильев А.В.
  • Центральный архив — Николай П. Михейкин
• 9-е Управление (собственной безопасности) — Алексей Вертяшкин, первый зам Александр Филатов, зам Александр Гуртопов (источник)
  • 6-я служба — Иван Ткачев (источник)
• Следственное управление СУ — Василий Петухов
  • Следственный изолятор Лефортово — Дмитрий Елкин
• Управление специальных программ
• 17-е Управление (оперативно-поисковое управление ОПУ)
• Управление Р (радиоконтрразведки)
• Управление авиации — Борис Данилов
• Договорно-правовое управление — руководитель В.С. Шелег
• 12 Центр (оперативно-технических мероприятий ЦОТМ) — И.В. Бибичев 
• 14 Центр (специальной физической подготовки ЦСФП — Блинов Юрий Петрович (источник)
• 16 Центр (радиоэлектронной разведки на средствах связи — ЦРРСС)
• Специальная служба (шифрование)
• Центр ЛСЗ (по лицензированию, сертификации и защите государственной тайны) 
• Военно-медицинское управление (ВМУ) —  Вадим Добржанский
• Хозяйственное управление
• Проектный институт ФСБ

Учебные заведения

• Академия — Николай Владимирович Плотников
• Институт (г. Новосибирск) — Круглов Валерий Александрович
• Институт (г. Нижний Новгород) — Кобыльченко Евгений Николаевич
• Институт (г. Екатеринбург) — Гайдамакин Николай Александрович
• Институт (г. Санкт-Петербург) — Сидоров Владимир Евгеньевич

* Для справки: направление — до 7 сотрудников, отдел — от 8, управление — от 55 человек.
А также:

• Совет ветеранов — Председатель Александр Жданьков 
• Общественный совет

* Схема составлена по материалам открытых источников

Agentura.ru 2022